Още от най-дълбока древност Малешевска планина е била обитавана от човека. Древният човек е обитавал и земите в днешните географски граници на Горна Брезница. Възникването и развитието на старите селища в района не може да се разглежда изолирано в историческо отношение от цялостния някогашен живот в Среднострумието, област известна и с името Медика – наречена на населяващото я тогава тракийско племе на медите. Съществуването на праисторическо селище в местността Габровица свидетелства, че този дял от Малешевска планина с горите, пасбищата и водните си ресурси е привличал вниманието още на първобитния човек, а по време на бронзовата епоха и по-късно тези земи са били населявани от прототраки, траки и македонци.
За древен поселищен живот в района на Горна Брезница свидетелстват останките от материали и съдова керамика още в местностите Брест, Илин чешма, Габровица, Цръквище. Може да се приеме, че те са съществували много векове, за което е спомагал и изграденият по римско време древен път по долината на Стримон.
Този край не е стоял встрани от културната и историческа съдба на областта Медика. Според древни историци македонското владичество в този край свършва през 28г.пр.н.е., когато римският пълководец Крас подчинил областта и тя станала част от провинция Македония. Пети и шести век от новата ера отбелязват явен упадък на местните селища, в пряка зависимост с историческото развитие на Балканите. В края на 6 век тук живеят и славяни, които наричат себе си „струмци“, по името на река Струма. През последвалите 8 столетия до идването на турците от Мала Азия съществуващите поселения вероятно са имали повече колибарски характер на скотовъдци, чиито следи времето е потулило в сянката на забравата.
Брест
Брест е местност, която се издига на 500м надморска височина югозападно от долината на река Брезнишка. Отстои на 3км югоизточно от Горна Брезница. В горната си част е заравнена и повечето от нея се е използвало като обработваема земя. При обработването на нивите са се откривали следи от културен пласт, най-вече от фрагментирани останки от съдова керамика. Ако се съди по начина на направа и печене на глината, тя може да се отнесе към късно античния период, но селището вероятно е съществувало и при завладяването на тези земи от турските нашественици.
Илин чешма
Останки от водопровод с калени тръби и фрагментирана съдова керамика са потвърждение, че и тук е имало древно население, а по-късно е бил изграден и манастир. Наблизо е намерена и монета, сечена по времето на Филип II Македонски в чест на победата му на олимпийските игри в Гърция.
Габровица
В списъка на античните паметници, обнародван в Държавен вестник (бр.63 от 1973г.), Габровица се споменава като праисторическо селище. Намерени са много останки от съдова и строителна керамика, които свидетелстват за старо селище. Може да се предположи, че то се е намирало край древния римски път, в подкрепа на което сочи и тукашен стар римски мост. Селището е било свързано и със старините в местността Цръквище.
Горна Брезница
Горна Брезница – с това си име селото е известно от 1971 година, когато с указ номер 562 на Държавния съвет е добавено към старото му име Брезница определението „Горна“ по решение на тогавашния окръжен комитет на БКП в гр. Благоевград, за да се различава от едноименното село Брезница в Гоцеделчевско. А откога се нарича Брезница? За този въпрос точен отговор не е намерен. Но е известно горе-долу кога е станало първото заселване. След Освобождението от турско робство вече се е назовавало Брезница, но с това си име се среща в писмено документи и по-рано. С увереност може да се смята, че името Брезница се е получилото още по-старото име на селото, което е било Брезниче и това се потвърждава от турски данъчни документи от 1650 и 1660 година.
Васил Миков (български археолог-праисторик) свързва името Брезница с брезовите гори, каквито според него е имало в землището на селото. Петър Йовков (местен краевед) приема, че преди Брезниче селото се е наричало Брестниче, открито в турски документи от 1640 година. Не може да се приема обаче версията, че Брезница е продължение на селището в Брест, защото местността предоставя развитие само на колибарско селище, а и не е логично да се приеме, че ще може да се изостави плодородната долина на река Брезница и да се търсят условия за живот в почти безводните хълмове. По-скоро населеното място Брезница е спомогнало за развитието на селището Брест.
Според разкази на възрастни хора на мястото на сегашната църква „Свети Атанасий“ е имало старо оброчище с малка култова сграда, която турските нашественици разрушили, а в местността Илин чешма е имало манастир.
В края на XV век, когато в цялата Малешевска планина започва масово потурчване и похамеданчване. Този процес е особено изразителен през 1515 година по времето на похода на Явуз Селим и неговият Велик везир Хадъм Синан паша. Потурчване и похамеданчване е имало и в Брезница, а това потвърждават и легендите за Цръквище, Момина скала и Еленина скала. Много е възможно част от населението на селото, за да избегне потурчването, да е търсило закрила в нови колибарска поселения из близките гори, това че християни са живеели в Брезница и преди идването на турците и бягство им през Балканската война е показателно, че нито Явуз Салим, нито други „покръстители“ след него са успели да покорят селото.
Размирно било и по време на Кресненско-Разложкото въстание от 1878-1879 година. С писмо от 9 октомври 1878 година Димитър Попгеоргиев съобщава на комитета „Единство“ в Горна Джумая (днешен Благоевград):
„…Превзехме селата Моравска, Брезница, Будилци и Сливница…“.
Циркулярно писмо на комитета „Единство“ отбелязва:
„Днес също пристигна скороходеца ни, който ни извести за нападнуването на село Брезница от въстаниците. Сполуката е увенчана с победа…“
На 16 октомври в Брезница пристига полякът Луис Войткеевич. В писмо от същия ден на 1878 година той съобщава, че е пристигнал с 250 доброволци, които вили уморени и имали нужда от два дни почивка.
Не е известно как населението е взело участие във въстанието, но е факт, че след погрома му християнските къщи не били пощадени от ограбване и палеж.
И Брезница, както целия Пирински край, преживява 541 години под турско робство. Това е било времето от битката при Черномен през 1371 година и Балканската война от 1912 година.
Паметна за Брезница е 1927 година – извършва се първото парцелиране на земята и първото оземляване, като на домакинство се осигуряват до 30 декара ниви и ливади. Годините 1930-1931 пък отбелязват създаването на първата водопроводна мрежа. През пролетта на 1951 година е извършена електрификация, а през следващата година се радиофицира. На 22 април 1956 година се учредява ТКЗС „Ленин“. Учредители са 76 домакинства с 330 души кооперирано население. През 1957 година се извършва масовизация и в кооператива вече е цялото село. През 1959 година ТКЗС „Ленин“ прекратява дейността си, като се обединява с ОТКЗС „Ленин“ в гара Пирин. Кооперативното стопанисване на земята продължава до 1992 година, когато земята е върната на собствениците ѝ. Докато в селото е използвана така наречената колективна форма на стопанисване на земята са изградени множество пътища, водоеми и стопански постройки. В различни години като председатели, технолози, бригадири, домакини в кооператива са работили Атанас Янушев, Атанас Велев, Борис Йовков, Валери Богоев, Георги Андонов, Дамян Богоев, Крум Малинов, Стефан Йовков и други.
През 1960 година местния футболен отбор се сдобива с футболно игрище в местността Буйна. Следващата година 1961 година се отбелязва откриване на фелдшерски участък. През 1963 година се открива автобусна линия до град Сандански. Пощенска станция в селото има от 1981 година.
Източник: „Горна Брезница“ на Борис Сандански, издадена през 1999 година в град Благоевград